In unserer Welt werden seit einigen Jahren verstärkt Babys mit kleinen Hörnern geboren, sogenannte "Diclonius".
Eine geheime Regierungsinstutition überwacht diese Entwicklung sehr genau, denn all diese Kinder werden sofort nach der Geburt eliminiert.
Sie stellen eine große Gefahr für die Menschheit dar, da sie über Fähigkeiten verfügen, die für normale Menschen durchaus tödlich sein können.
So verfügen sie ab einen gewissen Alter über die Gabe, unsichtbare Arme aus ihren Rücken hervortreten zu lassen um so ihre Gegner töten zu können.

Dies führt zu sehr blutigen Szenen wenn diverse Leute auf diese Weise geköpft oder verdreht werden, Körperteile abgerissen bekommen also schlichtweg abgeschlachtet werden. Diese Kraft ist so zerstörerisch, dass damit die gesamte menschliche Rasse ausgelöscht werden könnte.
Um sie nun aber studieren und erforschen zu können werden einige zu Versuchszwecken am Leben gelassen. Isoliert und nackt verbringen diese Diclonius ihr Leben als Versuchstiere in dem besagten Instutitionslabor.

Eines Tages nun kommt es aber zu einen folgenschweren Zwischenfall. Eine Diclonius namens "Lucy" gelingt es sich aus ihrem isolierten Gefängnis zu befreien und richtet ein blutiges Massaker auf dem Stützpunkt an. Am Ende gelingt es zwar einen Scharfschützen sie noch zu verletzen doch stürzt sie dabei ins Meer und kann so entkommen.

Am darauf folgenden Tag finden nun Kouta und Yuka, zwei Jugendliche die sich seit Kindergartentagen her kennen und nun zusammen auf die selbe Uni gehen, die nackte Lucy mit einer blutigen Kopfwunde am Strand der Stadt Kamakura. Doch ist sie nicht mehr die mordende emotionslose Lucy die der Zuschauer noch wenige Minuten zuvor am Stützpunkt kennen gelernt hat, nun sieht er ein verängstigendes weinendes Mädchen vor sich, die nicht mal mehr die Fähigkeit hat zu sprechen.

Da diese Lucy absolut hilflos ist, beschließen beide sie zunächst mal mit zu Kouta nach Hause zu nehmen. Dieser wohnt seit kurzem wieder in der Stadt seiner Vergangenheit, allein in einem großen Anwesen, das früher eine Herberge war. Da es schon lange leer stand wurde es von Yukis Mutter Kota zur Nutzung überlassen, schließlich ist Yuki Koutas Cousine. 
Da sich Lucy nicht ausdrücken kann kommt es zunächst zu einigen Missverständnissen und Peinlichkeiten wie z.B. woher beide wissen können, dass sie auf die Toilette müsste, wenn sie das nicht in Worte fassen kann...
Da Kouta allein bei solchen Dingen natürlich überfordert ist, beschließt Yuka kurzerhand mit in die alte Herberge einzuziehen.

Das Mädchen das beiden weiterhin als sehr hilflos erscheint nehmen sie nach anfänglichen Problemen bei sich auf, vor allem nachdem Kouta erfährt, dass zwei Polizisten im Viertel nach einen Mädchen suchen, möchte er "Nyu" wie sie das Mädchen nennen (da sie nur "Nyu" von sich gibt) beschützen.

Darüber hinaus hat Kouta vor einigen Jahren seine kleine Schwester und seinen Vater verloren die beide auf grausame Weise getötet wurden. Dieses Erlebnis war so grausam, dass er an jene Zeit keine genauen Erinnerungen mehr hat und auch danach ein Jahr lang in eine Klinik musste. Doch hat er aus diesem Grund einen starken Beschützertrieb und versucht von nun an Nyu zu helfen.
Auch Mayu ein heimatloses Mädchen, das von zu Hause wegrannte, da sie von ihrem Stiefvater des öfteren vergewaltigt wurde, findet so ein neues zu Hause.

Da ein knallharter Militärkiller "Bando", den die Forschungsstation losschickte, scheiterte Lucy zu töten und nur verstümmelt überlebte, wurde mittlerweile auch schon eine weitere Diclonius geschickt namens "Nana" die den Auftrag hat Lucy zu eliminieren.
Diese verliert jedoch beide Arme und Beine im Kampf mit Lucy und überlebt vorerst nur durch Hilfe ihres "Vaters" Kurama (der als Zweitranghöchster in der Instutition arbeitet) und sie als Ersatz zu seiner eigenen Tochter betrachtet.

Kouta und Yuka derweilen ahnen natürlich nichts von Nyus bzw. Lucys Vergangenheit. Auch ihr wahres Wesen bleibt ihnen verborgen.

Wie nun die Zukunft für Kouta, Yuka, Mayu, Nana und Nyu bzw. Lucy aussieht, was für grausame Schicksalsschläge weiter ihnen wiederfahren werden, wird in sich von Folge zu Folge anwachsenden Grausamkeiten deutlich, so dass sich der Zuschauer sich des öfteren fragt ob überhaupt eine Steigerung in diesen Tragödien noch möglich sein kann.

So scheint nämlich nicht nur die weitere unmittelbare Zukunft von ihnen miteinander verflochten zu sein, sondern auch ihre Vergangenheit stärker vernetzt zu sein als es den Anschein hat.