Der Anime beginnt, mit einem nachtschwarzen Himmel und einen Lichtpunkt, der nach unten fällt. Bei Annäherung sieht man, dass es sich um ein im Fall befindliches Mädchen handelt. Ein Rabe begleitet ihren Sturz nach unten. Der Traum endet, als sie die Wolkendecke durchbricht und unter ihr eine weitläufige Landschaft auftaucht. 

Sie erwacht in einem Kokon, der ihr Geburtsort ist. Auf diese Weise erblicken alle Haibane das Licht der Welt. Anfangs nicht größer als ein Grashalm wächst dieser Kokon auf Zimmergröße heran. Bekommt er schließlich eine aschgraue Färbung, ist der Zeitpunkt, an dem der/die darin geborene Haibane schlüpfen wird, nicht mehr fern.

Doch viele Fragen bleiben für diese neu Geborenen ungeklärt. Wer war man vorher? Wie hieß man früher? Die gesamte Erinnerung an ein vergangenes Leben wurde ausgelöscht. Den Namen den man in seinem neuen Leben trägt, bekommt man nach seinen Traum, den alle Haibane während der Zeit im Kokon durchleben. "Rakka" wird das neue Mädchen heißen, da dies "fallen" bedeutet.

Als erstes nach ihrer Geburt bekommt Rakka einen frisch gegossenen "Heiligenschein" aufgesetzt, der aber noch nicht so ganz fest sitzen mag, so dass er erst mal provisorisch mit einem Drahtgestell montiert werden muss. Dummerweise scheint Rakkas Haar auch noch eins der elektrostatischen Sorte zu sein, so dass eine anständige Frisur zur echten Herausforderung wird.

Sie selbst nennen sich "ash wings". Nach der Farbe ihrer Flügel, die am Tag nach ihrer Geburt wachsen.

In dem alten Gemäuer wo Rakka erwachte, das früher mal ein Schulwohnheim gewesen ist und von seinen jetzigen Bewohnern liebevoll "Old Home" genannt wird, wohnen natürlich weitere Haibane. Hikari, Kana, Kuu, Nemu und Reki sind die ältesten Haibane hier und kümmern sich um die Jüngeren. Darüber hinaus geht auch jede(r) von ihnen einer beruflichen Tätigkeit in der nahen Stadt nach. In dieser wohnen normale Menschen und auf diese sind die Haibane auch angewiesen. So bekommen sie Kleidung oder andere Sachen von ihnen. 
Die gesamte Stadt ist allerdings von einer hohen Mauer umgeben, die auch die Landschaft weitläufig mit umschließt. Keinem ist es erlaubt diese zu berühren oder gar zu versuchen sie zu übersteigen. Was auf der anderen Seite ist weiß niemand.
Nur sehr geheimnisvolle Leuten, die sich selbst die "Toga" nennen, dürfen das Stadttor verlassen, vermummt hinter Bändern, die ihre Gesichter verbergen. Weder den Haibane noch den Leuten ist es gestattet mit diesen zu reden. Dazu gibt es die "Charcoal Feather Federation" die sich auch um das Wohl der Bewohner kümmert, sprich sie mit Elektrizität, Schulmaterial und anderen Dingen versorgt. Diese handeln mit den Toga, allerdings über eine Zeichensprache, sie selbst sprechen nicht direkt zu ihnen.

Dies sind nur einige vieler Mysterien mit denen sich Rakka von nun an konfrontiert sieht. Viele kommen später hinzu, einige werden gelüftet, einige werden der Phantasie des Zuschauers überlassen.

So umgibt auch Reki ein Geheimnis, das sich erst mit der Zeit herauskristallisiert. Immer und immer wieder wird sie von dem selben Traum verfolgt, den sie auch in ihrem Kokon damals träumte. An diesen kann sie sich aber ebenfalls nicht mehr vollständig erinnern, so wie auch Rakka den Raben vergessen hat, der sie in ihrem Traum, bei ihrem Sturz in die Tiefe, begleitete...