Das Volk der Cthulhu, das nach dem Untergang ihres Planeten seit ewigen Zeiten auf der Suche nach einem neuen Lebensraum ist, findet ihren Weg zur Erde, in der es die Erfüllung ihrer Ziele findet. Unter der Führung des mysteriösen Big Gold, der wie ein goldenes weibliches Embryo in einer fortgeschrittenen Entwicklungsstufe aussieht wollen sie die Erde von der Menschheit befreien, und für sich bewohnbar machen, indem sie ihre Kriegsdämonen (Bedems) auf die Menschheit loslassen, die deren Körper in Besitz nehmen.

Diesen Plan auszuführen, gestaltet sich aber schwieriger, als anfangs berechnet, weil sich ihre eigene Scoutandroidin Iczer One gegen sie stellt, und die Menschen verteidigt. Um aber ihr zweites ich, den Riesenmecha Iczer-Robo als Waffe einsetzen zu können, braucht sie eine irdische Partnerin, die sie in Nagisa, einem ganz gewöhnlichen Schulmädchen, gefunden hat. Nachdem diese auf ihrem Schulweg Iczer One zum ersten Mal aus der Ferne begegnet, beginnt für Nagisa ein schrecklicher Alptraum. Nicht nur, dass während der Schulstunde aus dem Haar ihres Vordermannes eine ekelhafte Fratze sie anstarrt, und ihre Schulkameraden sich in der Pause in grässliche Dämonen verwandeln, die ihr alles andere als freundlich gesinnt sind, sondern sie verliert auch ihre Eltern, deren Körper von den Bedems übernommen werden, um die zukünftige Partnerin von Iczer One zu beseitigen. 

So kommt es, dass Iczer One Nagisa mehrmals vor dem sicheren Tod retten muss, und sie schließlich um ihre Hilfe bittet. Nagisa kann aber den Verlust ihrer Eltern und Freunde nicht verkraften, und weigert sich gegen die feindliche Übernahme der Cthulhu zu kämpfen. Erst als Commandant Kobalt von Sir Violett, dem Chef der Chtulhu, mit einem Mecha auf die Erde geschickt wird, um Iczer One zu vernichten, und für sie und Nagisa keine andere Möglichkeit besteht zu entkommen, willigt sie ein, in Iczer Robo zu steigen und mit Iczer One zu kämpfen. 

Sie besiegen schließlich Kobalt, wodurch sich aber ihre Lage keineswegs verbessert, denn Sepia, die Geliebte Kobalts (Kobalt ist übrigens weiblich, genau wie alle anderen Cthulhus) sinnt auf Rache, und wird zur Partnerin von Iczer Two, die Schwester Iczer Ones, die Big Gold treugeblieben ist. Eine gewaltige Entscheidungsschlacht bahnt sich an, die sowohl viel Action und Spannung als auch ein großes Maß an Tragik mit sich bringt.