Iria, eine angehende Kopfgeldjägerin, begleitet ihren Bruder Gren auf eine Rettungsmission, für die er und sein Partner Bob angeheuert wurden. Anfangs scheinen sie zu spät gekommen zu sein, denn auf dem Schiff treffen sie tote und teils furchtbar verstümmelte Besatzungsmitglieder an. Als sie schließlich doch einige wenige Überlebende aufspüren, beginnt allerdings der wahre Alptraum.

Das schrecklichste Monster der Galaxie namens Zeiram befindet sich nämlich an Bord und ist für das Blutbad verantwortlich. Zwecks geheimer Forschungen, um das angeblich unsterbliche Alien kontrollieren zu können, befand es sich zum Transport auf dem Frachter. Unter den Überlebenden ist auch der gesuchte VIP, ein Vize Präsident, dieser versucht aber Iria und Gren davon abzuhalten Zeiram, seine wertvolle Fracht, zu beschießen.

Das bizarre Biest aber hat nicht umsonst den Ruf, unzerstörbar zu sein, und es aufzuhalten ist praktisch unmöglich. So schaffen sie es zwar, die restliche Crew in Rettungsboote zu verfrachten, doch wird Bob schwer verletzt und Iria muss ohne ihren Bruder das Raumschiff verlassen. Kurz danach explodiert selbiges mit Zeiram und ihrem Bruder an Bord.

Doch ist damit das Grauen nicht vorbei, da auf dem Planeten, auf dem Iria einige Zeit später zur Notlandung gezwungen ist, Zeiram ebenfalls wieder auftaucht. Es gilt nun Zeirams wunden Punkt zu lüften, sofern dieser überhaupt einen hat, und das Schicksal ihres Bruders zu klären, der noch am Leben zu sein scheint.

Bei ihrem Kampf stehen ihr sowohl ein alter Streitgefährte namens Fujikuro zur Seite, als auch ein junges keckes Kind namens Kei, sowie dessen Gefährte Komimasa, deren Bekanntschaft Iria auf dem Planeten macht, auf dem sie gestrandet ist. Doch müssen viele Kämpfe überstanden werden, die auch Opfer verlangen und es daher spannend bleibt, ob Iria und ihre Freunde es trotzdem es schaffen werden gegenüber Zeiram zu bestehen.