Das Jahr 2012 - Ayato Kamina lebt mit seinen 15 Jahren in Tokyo. In der Schule macht Haruka, ein Mädchen aus seiner Klasse, ihm eine Liebeserklärung, die er annimmt. Dabei enttäuscht er leider Hiroko, die ebenfalls Gefühle für ihn hat und das Liebesgeständnis mitbekommt.

Doch als Haruka Tokyo für einige Zeit verlässt geschieht die Tragödie. Die "MU", außerirdische Eindringlinge, hüllen Tokyo in eine riesige, nicht zu überwindende Sphäre ein. 

Die Welt, in der Ayato nun lebt, glaubt, dass der Rest der Menschheit vernichtet wurde und Tokyo die letzte Zivilisation auf Erden ist. In Wahrheit gibt es allerdings auch weiterhin Menschen außerhalb Tokyos. 6 Milliarden um genau zu sein, doch trennt sie nun von ihresgleichen nicht nur Raum sondern auch Zeit. 
In "Tokyo Jupiter" wie die Sphäre aufgrund ihres Aussehens von der Weltbevölkerung genannt wird, vergeht nämlich die Zeit langsamer als in der Außenwelt. So sind in 3 Jahren, in denen Ayato in "Tokyo Jupiter" sein Leben weiter verbrachte, in der restlichen Welt ganze 12 Jahre verstrichen.

Die Mulianer waren jedoch nicht friedlich in dieser Zeitspanne, immer wieder schickten sie ihre mächtigen Waffen, die "Dolems", in die Welt, die bisher zwar abgewehrt werden konnten, doch auch große Zerstörungen anrichteten. 
Die Menschheit gründete in dieser Zeit eine eigene Organisation namens "Terra", auf der nun die Verantwortung der Weiterexistenz der Menschheit lastet.

Von alldem nichtsahnend wird Ayato eines Tages damit konfrontiert, als er gerade mit einem Schulfreund und Hiroko in der U-Bahn ist und die Stadt angegriffen wird. In dem darauf folgendem Chaos fordern zwei bewaffnete Sicherheitsleute ihn auf sie zu begleiten. Doch werden sie von einer plötzlich auftauchenden Frau namens Reika Mishima niedergestreckt. Dabei stellte Ayato zu seinem Entsetzen fest, dass deren Blut blau ist. 

Er gelangt mit Reika und RahXephon, einem riesigen fremdartigen Mecha, in die Außenwelt,  
Diesen konnte er auf seltsame Weise in einer unterirdischen tempelartigen Höhle erwecken, wobei er kurz vor der Flucht noch entdeckt, dass seine Mutter ebenfalls blaues "Mu" Blut hat. Sein Blut ist rot, doch werden Mulianer-Sequenzen in seiner DNA gefunden, was ihn nun außerhalb "Tokyo Jupiters" zum Risikofaktor macht.

Doch die Chance, dass Haruka in dieser Welt überlebt hat und er sie irgendwo wiederfinden könnte, ist seine Motivation, auch wenn es damals bei der Bildung von "Tokyo Jupiter" viele Opfer gab und er nicht weiss ob sie überhaupt noch lebt.